حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی به کنگره بزرگداشت مرحوم آیت‌الله العظمی گلپایگانی تاکید کردند: آن عالم بزرگوار از خصلت ها و خصوصیات برجسته ای برخوردار بود که بارزترین آن، صلابت در امر دین و ایستادگی بر سر مواضعی است که بر اساس تشخیص دین اتخاذ می‌نمودند.
متن این پیام که صبح امروز(پنجشنبه) از سوی حجت‌الاسلام و المسلمین محمدی گلپایگانی رییس دفتر مقام معظم رهبری در مرکز فقهی ائمه اطهار(ع) قم قرائت شد، بدین شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
 
مرحوم آیت‌الله العظمی آقای گلپایگانی در شمار برجسته‌ترین مراجع تشیع در نیم قرن اخیرند، دوران مرجعیت طولانی 32 ساله‌ی ایشان مشحون از فعالیت‌ها و اقداماتی است که از یک مرجع ذی‌نفوذ و عظیم‌الشأن مورد انتظار است.
احداث مدارس و مساجد و بیمارستان و نمایندگی در خارج از کشور و ورود در عرصه‌ی نوآوری‌های خدماتی از قبیل کارهای رایانه‌ای و ساختن مدرَس مخصوص تدریس از جمله مجموعه کارهای برجسته آن مرحوم است.
به جز علم و تقوا که شرط اصلی مرجعیت شیعه است، آن بزرگوار از خصلت‌ها و خصوصیات برجسته‌ای برخوردار بود که بارزترین آن صلابت در امر دین و ایستادگی بر سر مواضعی است که بر اساس تشخیص دین اتخاذ می‌نمودند.
رحمت خدا بر این عالم بزرگوار و جزاه الله عن العلم واهله خیرالجزاء